Collaboratoire de génomique du cancer

Le collaboratoire est une ressource de calcul infonuagique universitaire qui a été mis sur pied par l’Institut de recherche sur le cancer de l’Ontario. Il permet aux chercheurs et chercheuses d’effectuer des analyses complexes en utilisant les vastes ensembles de données sur la génomique du cancer du Consortium international de génomique du cancer (CIGC). Il héberge également le répertoire le plus vaste et le plus exhaustif de données de génomique du cancer au monde ou « analyse pan-oncologique de génomes entiers » (Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes – PCAWG).

Le collaboratoire est aussi ouvert aux autres travaux de recherche qui bénéficieraient d’un environnement de calcul infonuagique.

Le collaboratoire héberge les données du CIGC, une collaboration mondiale regroupant plus de 70 projets et 40 pays ou régions créée pour le séquençage des génomes de 25 000 tumeurs et de leurs tissus normaux liés à 50 principaux types de cancers. Il contient aussi les données du PCAWG, qui a uniformément analysé plus de 2 600 génomes de cancer entiers du CIGC. Les utilisateurs et utilisatrices du laboratoire collaboratif ont rapidement et facilement accès à ce répertoire de données.

Autrement, les utilisateurs et utilisatrices du laboratoire peuvent téléverser leurs propres ensembles de données aux fins d’analyse.

Grâce aux installations de calcul informatique du laboratoire, les chercheurs peuvent accomplir des tâches complexes d’exploration et d’analyse de données en utilisant de grands ensembles de données, comme ceux du CIGC et du PCAWG. Utilisant des logiciels d’étiquetage évolué de métadonnées, de suivi des provenances et de gestion des flux de travail, les chercheurs peuvent mettre en œuvre des pipelines analytiques complexes et créer des traces reproductibles de chaque étape ainsi que partager des méthodes et des résultats. Au lieu de consacrer des semaines, voire des mois, au téléchargement de centaines de téraoctets de données depuis un répertoire central avant même de commencer des calculs, les chercheurs peuvent téléverser et lancer leurs logiciels d’analyse sur le laboratoire d’infonuagique, puis télécharger les résultats des calculs de façon sécurisée.