Laboratoire collaboratif de génomique du cancer

Université de Toronto, Toronto, Ontario
Que fait l'installation

Offrir aux chercheurs l’accès à des ressources de calcul et de stockage par infonuagique pour le fonds documentaire du Consortium international de génomique du cancer

Domaines d'expertise

Le laboratoire est mis sur pied par l’Institut de recherche sur le cancer de l’Ontario pour soutenir la recherche universitaire. Cette ressource de calcul infonuagique permet d’effectuer des recherches dans le répertoire le plus vaste et le plus exhaustif de données de génomique du cancer au monde.

Grâce aux installations du laboratoire, les chercheurs peuvent accomplir des tâches complexes d’exploration et d’analyse de données dans un vaste répertoire de séquences de génomique du cancer et de données cliniques sur les donneurs qui y sont associés. Utilisant des logiciels d’étiquetage évolué de métadonnées, de suivi des provenances et de gestion des flux de travail, les chercheurs peuvent mettre en œuvre des pipelines analytiques complexes et créer des traces reproductibles de chaque étape ainsi que partager des méthodes et des résultats. Au lieu de consacrer des semaines, voire des mois, au téléchargement de centaines de téraoctets de données depuis un répertoire central avant même de commencer des calculs, les chercheurs peuvent téléverser et lancer leurs logiciels d’analyse sur le laboratoire d’infonuagique, puis télécharger les résultats des calculs de façon sécurisée.

Le laboratoire accueille le International Cancer Genome Consortium, une collaboration mondiale regroupant plus de 70 projets et 40 pays ou régions créée pour le séquençage des génomes de 25 000 tumeurs et de leurs tissus normaux liés à 50 principaux types de cancers. Les utilisateurs du laboratoire collaboratif ont un accès rapide et facile à ce répertoire de données.

Services de recherche

Environnement de calculs virtuels libre-service (nuage OpenStack), spécifications sur mesure d’appareillage virtuel d’analyse de génome entier, établissement logiciel du réseautage avec règles de pare-feu libre-service, connectivité Internet à haut rendement, stockage d’objets par API Swift et S3, réservation d’espace disque libre-service, interfaces Web, API et CLI, répertoire d’images libre-service de diffusions populaires GNU/Linux avec outils de bio-informatique préparamétrés, accès aux données du CIGC par réseautage à largeur de bande élevée, enregistrement de conteneurs de bio-informatique Docker (Dockstore.org)

Secteurs d'application
  • Soins de santé et services sociaux
  • Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical

Nom du laboratoire spécialisé

Nom de l’équipement

Résumé de la fonction

Nuage de calcul du laboratoire collaboratif

Infrastructure de calcul infonuagique

Infrastructure libre-service évolutive de calcul, de stockage et de réseautage

Accès aux ressources de calcul de haute performance de Calcul Canada

Flux de travail de laboratoire collaboratif Dockstore

Dockstore

Flux de travail conditionnés pour classification structurelle de variantes, classification somatique, VNC, indels et alignement du nombre de copies et BAM

  • Center for Data Intensive Science (Université de Chicago)
  • Alliance mondiale pour la génomique et la santé