Développe de nouvelles techniques d’histopathologie et de nouveaux outils de traitement d’images afin d’effectuer des analyses de corrélation entre l'imagerie et la pathologie dans le cadre d'études sur le cancer et d’autres maladies.
Le Laboratoire de recherche sur les biomarqueurs d’imagerie (BIRL) est un centre de recherche de pointe qui développe de nouvelles techniques d’histopathologie et de nouveaux outils de traitement d’images afin d’effectuer des analyses de corrélation entre imagerie et pathologie dans le cadre des études sur le cancer et autres maladies. En outre, ce laboratoire scientifique fournit des services à des clients universitaires et industriels, tant à l’interne qu’à l’externe.
Ses principaux domaines d’expertise sont :
- Validation des technologies d’imagerie au moyen de l’histopathologie en montage complet, servant de vérité terrain
- Diagnostics de précision fondés sur la protéomique spatiale et une analyse multiplexée des biomarqueurs pour une prise en charge plus éclairée du cancer
- Utilisation d’approches radiomiques et de l’intelligence artificielle combinant l’analyse tissulaire microscopique et macroscopique pour la caractérisation intégrée des maladies
Découverte de biomarqueurs : développement d’essais, analyse multiplexée des biomarqueurs sur échantillons fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) à l’aide des plateformes CellDIVE ou PhenoCycler-Fusion et d’algorithmes d’analyse basés sur l’apprentissage automatique (analyse de données, sous-typage, regroupement, analyse multiomique).
Pathologie de recherche : traitement tissulaire en montage complet et standard, immunohistochimie, optimisation de la coloration, échantillons congelés, numérisation de lames de 1 po x 3 po à 5 po x 7 po et microscopie à champ clair et à fluorescence de ces lames, biobanque et traçabilité des échantillons ainsi que stockage.
Soutien aux essais cliniques : collecte et stockage d’échantillons, protocoles de traitement tissulaire (ultrarapides et standards), collecte de données cliniques, assurance et contrôle de la qualité (AQ/CQ), laboratoire médical accrédité ; ces services sont intégrés à la plateforme de génomique (Dr Arun Seth, Institut de recherche Sunnybrook).
Radiomique corrélative : enregistrement simultané d’images standards et en montage complet (IRM, mammographie, tomosynthèse), segmentation et analyse, rendu volumique 2D et 3D, système de pathologie numérique et infonuagique (PathcoreFlow), extraction et analyse de caractéristiques, intégration de données multiomiques.
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
| Équipement | Fonction |
|---|---|
| Solution d’imagerie multiplex Cell DIVE de Leica | Effectuer, à l’aide de cette plateforme d’immunofluorescence cyclique, une analyse multiplexée des biomarqueurs sur des échantillons de tissus fixés au formol et en paraffine (FFPE). |
| Système PhenoCycler-Fusion de Akoya Biosciences | Effectuer une imagerie et une analyse multiplexée des biomarqueurs. |
| Appareil hybride de traitement tissulaires PATHOS Delta de Milestone Medical | Préparer de façon ultrarapide les échantillons de tissus humains en montage complet. |
| Appareil automatique pour la coloration Dako de Agilent | Effectuer une coloration automatique des lames tissulaires pour l’immunohistochimie. |
| Microtome SM2500 muni d’un appareil de micro-sectionnement SP2600 Ultramiller de Leica | Microtome à chariot automatisé pour échantillons de grandes dimensions (jusqu’à 7 po x 8 po). |
| Système automatisé de préparation de lames DISCOVERY de Ventana | Immunohistochimie (IHC) ou hybridation in situ (ISH) offrant le niveau le plus élevé de flexibilité en matière de protocoles pour les analyses les plus complexes et pour le développement rapide d’essais. |
| Système de numérisation TissueScope LE de Huron Digital Pathology | Appareil de numérisation en champ clair pour lames tissulaires standards et en montage complet (jusqu’à 7 po x 8 po) ; résolution maximale de 50x. |
| Système de numérisation de lames TissueScope iQ de Huron Digital Pathology | Analyser à haut débit des lames tissulaires standards et de 2 po x 3 po, permettant une numérisation à des résolutions de 10x, de 20x et de 40x. |
| Système d’imagerie d’échantillons par microtomographie assistée par ordinateur (MicroCT) | Effectuer des examens de tomodensitométrie et des reconstructions volumétriques de petits échantillons à des fins de corrélation entre l’imagerie et la pathologie ; résolution du système à 100 µm. |
| PathcoreFlow de Pathcore | Système de gestion de la pathologie numérique doublé d’un outil infonuagique d’annotation et de collaboration pour la pathologie numérique et les études multiomiques. |
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- Institut ontarien de recherche sur le cancer (IORC)
- Réseau intégré de santé de Toronto
- Réseau universitaire de santé