Installation de bio-informatique

Conseil national de recherches Canada, Saskatoon, Saskatchewan
Que fait l'installation

L’installation propose une infrastructure de calcul en bio-informatique et facilite la recherche par l’analyse des données ainsi que l’élaboration de flux de production et le développement de logiciels.

Domaines d'expertise

L’Installation de bio-informatique appuie la recherche en génomique appliquée dans les secteurs de l’agroalimentaire et de l’aquaculture, ainsi que dans d’autres domaines de la biologie qui font un usage massif de données comme le phénotypage à fort débit ou la phénomique. On y trouve une panoplie d’instruments pour stocker, structurer et gérer la masse colossale de données en biologie produite par les séquenceurs d’ADN et les appareils d’imagerie. L’expertise de l’installation se concentre dans les sous-domaines de la bio-informatique végétale, animale et aquicole. En effet, les champs de recherche comme l’hybridation des plantes requièrent l’analyse de données complexes de même que des méthodes en statistique génétique qu’on ne trouve pas dans les autres sciences de la vie. Ce sont ces services en bio-informatique que procure l’installation. L’infrastructure physique de cette dernière répond spécialement aux besoins de la bio-informatique agricole et le personnel qui y travaille possède les compétences requises pour décoder le génome aussi imposant que complexe des végétaux. L’un des principaux atouts de l’installation réside dans le talent avec lequel on y assemble les séquences génétiques des cultures à polyploïdie complexe tels le blé, le canola et les légumineuses, et y analyse la diversité du génome en vue d’améliorer les paramètres agronomiques et qualitatifs des semences avec le concours de la génomique.

Services de recherche
  • Services de bio-informatique destinés aux chercheurs qui ont besoin d’analyses plus poussées ou d’un soutien technique pour mieux exploiter leurs outils en laboratoire;
  • Soutien direct par des analyses qui nécessitent de la programmation informatique, de l’analyse de données, de la visualisation de données, de l’ingénierie logicielle de recherche et une expertise dans les outils et les méthodologies de la bio-informatique agricole;
  • Soutien aux chercheurs qui préfèrent effectuer des analyses dans leur laboratoire, mais qui ont besoin d’aide pour les technologies habilitantes telles que Linux, les environnements de développement, la programmation de calculs à haute performance, etc.
Secteurs d'application
  • Agriculture, alimentaire et sciences animales
  • Pêches et aquaculture

Équipement

Fonction

Grappe d’ordinateurs de haute performance

  • Stockage redondant de 1,5 Po (pétaoctet) annexé au réseau
  • 8 ordinateurs nodaux de calcul Linux combinant 600 cœurs de calcul et jusqu’à six téraoctets de mémoire vive (RAM) par nœud

Entièrement consacrée aux analyses en bio-informatique