Services intégrés de génomique et de protéomique fonctionnelles : criblage haut débit, spectrométrie de masse, imagerie haute densité à haute résolution et séquençage de prochaine génération
Les activités du Centre s’articulent autour de nœuds complémentaires. Le nœud protéomique se spécialise dans l’analyse fonctionnelle, en particulier celle des interactions protéine-protéine, selon des approches validées qu’il combine avec une solide plateforme computationnelle. Le nœud de criblage haut débit (HTS) allie la robotique informatisée à la gestion d’échantillons qu’exige l’analyse physique et fonctionnelle des systèmes mammaliens par l’application de vastes collections d’ADNc, de l’interférence par ARN et de bibliothèques de petites molécules. Un ensemble complémentaire d’instruments d’imagerie automatisée haute densité et haute résolution dimensionnelle-temporelle permet un éventail de modes de criblage. Le nœud de séquençage de prochaine génération se spécialise dans le soutien collaboratif à la transcriptomique et les courtes répétitions palindromiques groupées régulièrement espacées (CRISPR). En plus d’offrir une expertise approfondie en conception et mise en œuvre de stratégies élaborées de criblage, le centre peut intégrer ces modes de criblage de sorte à tirer des connaissances biologiques. Les clients passent souvent par un nœud, par exemple, celui du criblage haut débit (HTS), pour identifier des gènes de phénotypes d’intérêt, pour se tourner ensuite vers l’imagerie afin d’obtenir des données phénotypiques et protéomiques détaillées pour cerner des partenaires d’interaction, ce qui rend possible la transition rapide de l’identification des cibles à la connaissance fonctionnelle : un atout uniquement particulier au centre.
- Protéomique : identification et quantification de protéines, partenaires d’interaction, modifications post-traductionnelles par spectrométrie de masse.
- Criblage haut débit : conception, validation et mise en œuvre de stratégies pour essais acellulaires et cellulaires.
- Criblage haute densité : imagerie haute vitesse automatisée de plaques et lames multipuits à faible ou à haute résolution.
- Imagerie haute résolution : imagerie haute ou ultra haute résolution de cellules vivantes ou fixées.
- Séquençage de prochaine génération : vaste éventail d’applications liées à l’ADN ou l’ARN.
- Services d’analyse intégrée de données offerts tant pour chaque nœud de criblage que pour l’ensemble des nœuds.
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
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Laboratoire spécialisé |
Équipement |
Fonction |
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Protéomique |
Spectromètre de masse Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos avec dissociation par transfert d’électrons (ETD) et nanochromatographe liquide haute performance (CLHP) Eksigent 425 |
Essais avec échantillons en faible abondance, modifications post-traductionnelles, multiplexage d’échantillonnage (étiquetage de masse en tandem [étiquetage TMT]) et ciblés. |
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Trois (3) spectromètres de masse SCIEX TripleTOF 6600 avec nanoCLHP Eksigent 425 |
Identification et quantification de protéines de mélanges complexes au moyen d’approches globales (acquisition indépendante ou des données [DIA]/[acquisition séquentielle par fenêtre de tous les spectres théoriques (SWATH]) ou ciblées (surveillance de réactions multiples haute résolution [MRM-HR]). |
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Spectromètre de masse SCIEX TripleTOF 5600 avec nanoCLHP Eksigent 425 |
Identification et quantification de protéines de mélanges complexes au moyen d’approches globales (DIA/SWATH) ou ciblées (MRM-HR). |
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Spectromètre de masse Thermo Scientific Orbitrap Elite avec nanoCLHP Eksigent Ultra |
Identification de protéines de mélanges complexes et quantification d’échantillons d’étiquetage d’isotopes stables d’acides aminés en culture cellulaire (SILAC). |
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Criblage haut débit (HTS) |
Plateforme HTS entièrement intégrée (ThermoFisher F7) avec 4 manipulateurs de liquides, 2 détecteurs, 2 incubateurs et appareillage complémentaire |
Configuration permettant des volumes et débits élevés et offrant la polyvalence requise pour le plus grand nombre d’essais de ciblage. Biosécurité de niveau 2. |
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Deux (2) systèmes de gestion d’échantillons Hamilton Robotics pour entreposage à -20 °C et récupération robotisée de > 400 000 échantillons de criblage |
Pour l’entreposage, la récupération et la réorganisation de réactifs de bibliothèque en collections personnalisées prêtes au criblage. Intégration F7. |
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Plateforme d’automatisation modulaire ThermoFisher Dimension4 avec courroie transporteuse de 3 m et convoyeurs inverseurs branchés sur des périphériques particuliers |
Système polyvalent pour les méthodes de criblage en plusieurs étapes/jours d’essais acellulaires et cellulaires. Biosécurité de niveau 2. |
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Manipulateur de liquides Labcyte Echo 555 (intégration F7) |
Fonctionnement acoustique sans contact permettant de distribuer des volumes à l’échelle du nanolitre. Manipulation de réactifs sensibles (p. ex., petits acides ribonucléiques interférents [pRNAi]). |
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Manipulateur de liquides Hamilton STARplus (autonome) |
Pour la distribution de liquides (toute viscosité, 2 à 250 ul) dans des plaques multipuits, scriptage personnalisé, adapté à la sélection précise |
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Manipulateur de liquides Biomek FX (autonome) |
Pour la distribution de liquides (toute viscosité, 2 à 250 ul) dans des plaques multipuits, scriptage personnalisé, adapté à la sélection précise |
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Laveur de microplaques centrifuge BlueCatBio BlueWasher (autonome) |
Utilise le mouvement centrifuge au lieu de l’aspiration pour effectuer efficacement, mais en douceur, les tâches de nettoyage délicat |
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Criblage haute densité |
Deux (2) microscopes confocaux GE Santé IN Cell Analyzer 6000, dont l’un doté d’un bras robotisé et empileur |
Microscope confocal automatisé d’imagerie haut débit de monocouches cellulaires et sphéroïdes ou organoïdes. Essais avec cellules vivantes ou fixées. |
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Cytomètre d’imagerie Nexcelom Bioscience Celigo |
Imagerie en champ clair et en fluorescence automatisée, adaptée aux microplaques à puits de monocouches cellulaires et sphéroïdes ou organoïdes à 4x |
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Imagerie dimensionnelle-temporelle haute résolution |
Deux (2) microscopes optiques GE Santé DeltaVision Elite |
Imagerie à intervalle à champ large de cellules vivantes, suivi cellulaire multipoint et contraste d’interférence différentiel |
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Microscope optique à illumination structurée tridimensionnelle (3D-SIM) multimode super-résolution GE Santé OMX Blaze 4 |
Imagerie super-résolution simultanée multicanal de cellules vivantes et fixées. Idéal pour la dynamique des organites cellulaires. |
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Séquençage de prochaine génération |
Séquenceur Illumina HiSeq 3000 |
Haut débit, 2,4 milliards de lectures, utilisé pour l’analyse génomique, la transcriptomique et le séquençage unicellulaire. |
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Séquenceur Illumina NextSeq 500 |
Débit moyen, 400 millions de lectures, utilisé pour l’analyse génomique, la transcriptomique et la lecture de codes barres de courtes répétitions palindromiques régulièrement espacées (CRISPR). |